Le flac étant un format sans perte, le problème viendrait plutôt du CD à l'origine, ou bien du rip de ce CD (voire de ton lecteur multimédia !).
Dans l'hypothèse où l'information a été perdue lors de l'extraction du CD, il te sera impossible de la récupérer en convertissant tes fichiers d'un format à l'autre.
Une écoute du CD d'origine permettrait d'éclaircir la situation.
Quoi de mieux qu'un BeoLab 2 ? 2 BeoLab 2 !